Tak, powinno się je wliczać do wynagrodzeń (jako wynagrodzenie w naturze, czyli deputat).

Istnienie obowiązku zaliczania do przychodów pracowników wartości abonamentu medycznego zostało potwierdzone uchwałą pełnego składu Izby Finansowej NSA z dnia 24 października 2011 r. (sygnatura akt II FPS 7/10), w której sąd stwierdził: "Wykupione przez pracodawcę pakiety świadczeń medycznych, których wartość nie jest wolna od podatku dochodowego od osób fizycznych na podstawie art. 21 ust. 1 pkt 11 ustawy z dnia 26 lipca 1991 r. o podatku dochodowym od osób fizycznych (tekst jedn. Dz. U. z 2000 r. Nr 14, poz. 176 ze zm.), stanowią dla pracowników, uprawnionych do ich wykorzystania, nieodpłatne świadczenie w rozumieniu art. 12 ust. 1 wymienionej ustawy".